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Científicas del Real Jardín Botánico publican en ‘Molecular Ecology’ un sistema para la identificación de hongos a través de UNITE Tuesday, 24 de September de 2013 | Gabinete de Prensa

 

►    El trabajo de Margarita Dueñas, María Paz Martín y María Teresa Tellería , junto a un grupo de científicos internacionales, permite estandarizar el método de identificación de hongos presentes en muestras ambientales

 

►    UNITE es una base de secuencias de ADN ribosómico de hongos creada en 2003 en el que las secuencias que allí se depositan deben pasar unos filtros determinados para lograr que la base de datos sea realmente rigurosa

 

 

Las científicas Margarita Dueñas, María Paz Martín y María Teresa Tellería, que desarrollan su labor investigadora en el Real Jardín Botánico, CSIC, han publicado en la prestigiosa revista 'Molecular Ecology', junto a un grupo de científicos internacionales, el método que permite comparar las secuencias de ADN de una especie y establecer la secuencia representativa de la misma, lo que facilitará la identificación de hongos a través de UNITE.

 

UNITE es una base de datos de secuencias de ADN ribosómico de hongos creada en 2003 en el que las secuencias que allí se depositan deben pasar unos filtros determinados para lograr una base de datos rigurosa. Entre esos filtros figuran: que las secuencias estén asociadas a colecciones bien documentadas, con todos los metadatos posibles como localidad, hábitat o fecha de recolección; que las muestras estén depositadas en colecciones públicas; y, el más importante, que el nombre de la especie esté identificado por taxónomos expertos.

 

Versiones posteriores de UNITE permitieron que en los análisis de confrontación de secuencias, se incluyeran todas las secuencias de hongos de la INSD (Internacional Nucleotide Sequence Database) y de nuevo empezaron las dudas para muchos de los usuarios de UNITE, en particular aquellos científicos que realizan trabajos a partir de muestras ambientales, por ejemplo suelo o agua. Así, en el momento de identificar su secuencia en muchos casos no era posible, porque entre las secuencias más probables aparecían las de estudios ecológicos, que a su vez carecían de identificación a nivel de especie.

 

Hasta diciembre de 2012, la comunidad científica llevaba publicadas más de 300.000 secuencias (INSD + UNITE) de hongos, de las que solo la mitad de ellas llevan asociada un nombre de especie, y es probable que muchas de las secuencias que no están identificadas pertenezcan a especies no descritas todavía.

 

Última versión de UNITE

 

En la última versión de UNITE, que se presenta en el trabajo publicado en la citada revista 'Molecular Ecology' en el que han trabajado las tres científicas del Real Jardín Botánico, se han implementado los análisis y las anotaciones de las secuencias. Mediante los nuevos análisis se obtienen alineamientos automáticos que agrupan las secuencias por grados de similitud.

 

Según ha explicado la investigadora María Paz Martín, "un primer agrupamiento se realiza a nivel de género y un segundo grado a nivel específico. Cuando en el segundo grado de agrupamiento aparecen dos o más secuencias iguales, éstas corresponden a lo que se denomina hipótesis de especie (SH) y, entre ellas, de forma automática el programa elige una secuencia representativa (RepS)".

 

Sin embargo, cada hipótesis de especie y cada secuencia representativa debe ser revisada por expertos en taxonomía, ya que, por ejemplo, ha añadido Martín "la secuencia obtenida a partir de una colección de herbario (cuerpos fructíferos) debe priorizarse como RepS sobre la obtenida de un cultivo, y ésta sobre la secuencia de una muestra ambiental. En el caso de las SH en los que solo hay muestras ambientales, la secuencia más completa es la que se selecciona como RepS".

 

Mediante estos análisis y sobre la base de un 98% de similitud se han generado 52.481 hipótesis de especie, de las que un 40% carecen de información sobre la localidad, poniendo de manifiesto la gran importancia de incorporar metadatos a la hora de depositar secuencias en las bases de datos. También, se confirma que el Norte de América, Europa y Asia comparten el mayor número de estas especies.

 

En la versión actual de UNITE, las 52.481 hipótesis de especie tienen una secuencia representativa asociada, de las que 5.300 han sido revisadas y anotadas por los autores del trabajo. Desde el mismo artículo se invita a los taxónomos de todo el mundo para que revisen la selección automática de las SH y RepS de los grupos en los que son especialistas.

 

Este trabajo publicado en la revista 'Molecular Ecology' es fruto del workshop que se llevó a cabo en los primeros meses de este año 2013, auspiciado por la Universidad de Tartu, en Estonia, para facilitar a la comunidad científica la identificación de hongos a partir de las secuencias ITS. En el mismo participaron, tanto de forma presencial como on line, taxónomos, bioinformáticos y ecólogos moleculares de todo el mundo, y ha permitido sentar las bases para designar las secuencias de referencia.

 

 

Se adjunta PDF (versión aceptada, sin formato) de la publicación en inglés en la revista 'Molecular Ecology'.

 

 

Kõljalg et al. 2013. Towards an unified paradigm for sequence-based identification of fungi. Molecular Ecology. DOI: 10.1111/mec.12481

 

 

Más información:

 

http://unite.ut.ee/

 

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