Colecciones
Sección sistemática:
Colección de Algas (MA-Algae), Nº de pliegos: más de 10 000
Colección de Briofitos (MA-Musci y MA-Hepat), Nº de pliegos: más de 37 000 (32 832 en MA-Musci y 4 548 en MA-Hepat)
Colección de Líquenes (MA-Lichen), Nº de pliegos: 17 376
Colección de Hongos (MA-Fungi) (Hongos incluidos después de 1976) y (MA-Funhist) (Hongos incluidos hasta 1976) Nº de pliegos: más de 100 000
Colección de Plantas vasculares (MA), Nº de ejemplares: más de 1 000 000
Colecciones de Expediciones Científicas
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Herbarios americanos: - Herbario de Ruiz y Pavón
- Herbario de Mutis
- Herbario de Sessé y Mociño
- Herbario de Neé
- Herbario de Boldo
- Herbario de Isern
Herbarios de Filipinas:
- Herbario de Blanco y Llanos
- Herbario de Vidal
Colección complementaria
Especímenes conservados en fluidos, conos de gimnospermas, frutos y semillas, muestras de maderas, etc. En el herbario siempre hay intercalado un pliego con una etiqueta anaranjada de "Colección complementaria" y un número que corresponde al de orden dentro de la misma.